Was meinst Du mit Datenpartition?
Eine Partition, nur für Daten (Bilder, Video, Backup, ...) - die eben KEIN Betriebssystem enthält, weil sie nicht bootfähig wird. (zumindest nicht für Windows an deinem Board)
Solle ich also lieber HD2 auf die neue 3TB Platte clonen und dann die fehlerhafte 1TB auf die andere 1TB Platte clonen?
Ja, ob deine "AcronisZone" dann noch funktioniert, ist nicht klar. Bootfähig dürfte sie nicht mehr sein - falls die es vorher war. Die wäre dann nur ein "Datengrab" für Acronis-Images, an die du nur vom Bootmedium (CD, USB-Stick, ...) rankommst.
Für die 3 TB HDD sollte vorsichtshalber ein SATA-Port vom Chipsatz genutzt werden (SATA 0 - 3 oder wie auch immer gekennzeichnet) und dazu den MS-Treiber. Bei Ports von (Onboard-)RAID-Controllern (meist andere Farbe) vorher checken, ob die fit für >2TB sind (RAID-BIOS + Treiber). Falls nicht, gibt es irgendwann massiv Datenverlust.
"Geklont" werden in diesem Fall nur Partitionen - jede einzeln. Das heißt, die 3 TB HDD als GPT partitionieren und dann z. B. mit Paragon FPM (ggf.neuere Version) die Partitionen einzeln kopieren. (.... ist sinnvoller, als zuerst MBR klonen und dann in GPT umwandeln und danach die Größen anpassen)