Unter Vista und Intel-RAID werden viele Festplatten nicht erkannt oder arbeiten fehlerhaft.
Ich tippe das nicht nochmal, es steht hier mit drin:
http://www.nickles.de/thread_cache/538235613.html
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Probier doch mal Tools wie "h2test", ob du damit reproduzierbar Datenfehler hinbekommst, das grenzt den Fehler vielleicht schneller ein.
Tritt der Fehler eigentlich auch im softwarekompatiblen S-ATA-1-Modus, d.h. ohne AHCI auf?