Portable Apps schreiben nie in die Registry. Das ist ja gerade der Sinn.
Da verwechselst Du Äpfel und Birnen. Die Frage ist nicht, ob etwas in die Registry schreibt, sondern wie tief eine Anwendung mit dem System verbunden ist, oder z.B. gemeinsame Komponenten verwendet. Jede ausführbare Datei hinterlässt Einträge in der Registry und wenn sie nur in den zuletzt genutzten Programmen auftaucht. Der PortableApps-Launcher startet die in der Suite integrierte .exe-Dateien, mehr nicht.
Man kann aber einige Programme, die nicht zu tief im System verwurzelt sind, auch manuell in die PortableApps-Ordner kopieren, darauf bezog sich meine Aussage.
Ein Beispiel dafür wäre z.B. der BTF-Sniffer:
http://www.tecchannel.de/sicherheit/tools/2039950/mit_freeware_btf_sniffer_digitale_spuren_auf_dem_pc_beseitigen/
Und unter diesem Tool kannst Du auch gleich auslesen, was alles im System (Registry) hinterlegt ist. So findest Du z.B. unter "Zuletzt geöffnete Programme" auch jegliche Anwendungen aus den PortableApps.
Das PortabaleApps von USB-Stick auf einem System nicht nachweisbar sind, ist leider ein weit verbreiteter Irrglaube.
Alles, was im System passiert, wird irgendwo protokolliert und hinterlegt und lässt sich mit entsprechenden Kenntnissen auch auslesen.
http://www.nickles.de/forum/windows-xp/2012/ausfuehrung-einer-portable-version-nachweisbar-538934355.html
Gruß
Maybe