Tipps:
1) Baue beide Festplatten als Master ein. ABER kleiner Tipp aus Michael Nickles neuem Linux-Buch:
Manche Live-CDs (Knoppix usw.) starten bei manchen Laufwerken nur, wenn das CD-Laufwerk (oder DVD-Brenner usw.) als Master angeschlossen ist.
Festplatten starten bei WinXP wohl auch als Slave...aber dann kannst Du nicht mehr im Bios frei wählen.
2) Sehe auch für die Backuppartition die erste Primäre Partition auf der zweiten Festplatte vor.
3) Nutze möglichst kein proprietäres Imageformat, sondern eine hardwarenahe, Bit für Bit sektorenweise Kopie.
4) Im Bios kann/muss zumeist gewählt werden von welcher Platte zu starten ist. Das Bios entwickelt zumeist "Eigenintelligenz". Wenn z.B. die Startpartition auf der ersten Platte defekt ist, so startet der PC von der Zweitplatte, wenn dort das Betriebssystem "aktiv" und "sichtbar" ist. Manchmal verstellt sich auch die Bootreihenfolge (Asus/AMI), sodass die Festplatte oder ein startbare CD des Klonprogramms nicht starten will. Immer das Bios kontrollieren.
5) Ich würde nur mit internen Laufwerken arbeiten, ev. einen Wechselrahmen vorsehen. Kontakte an Wechselrahmen von Anfang an mit Kontaktfett einfetten. Nach ein paar Jahren - oder früher - bei Nicht-Erkennen der Platten im Rahmen => wiederholen.
6) Acronis ist schon ok, soll wohl auch in der Kaufversion meinen Punkt 3 erlauben. Man könnte die Platten tauschen (2 Wechselrahmen?) und von der Backuppartition starten, nachdem man sie sichtbar gemacht hat...was notfalls mit FDISK geht.
6) Bei Windows NTFS muss bei Acronis die Kopie - so sie denn gleich eingesetzt werden soll und Voraussetzung, die Platte als Ganzes kopiert wurde - den Festplatten-GUID der ersten Installation übernehmen. Damit wird die Ursprungsstartpartition mit einem neuen GUID beglückt...und Windows startet nicht mehr durch. Abhilfe: Win98-Startdiskette und fdisk /mbr.
7) Falls Du PartitionMagic einsetzen willst (Kopieren, Aktiv-setzen, Partitionierung) muss es die Version 8 sein (für WinXP NTFS). Vorher Backup, defragmentieren und chkdsk. PartitionMagic8 kopiert nur in exakt gleich große Partitionen. Ist aber sehr schnell und extrem zuverlässig. Kopiert - hardwarenahe - sogar fehlerhafte oder zu lange Dateipfade (abgespeicherte Internetseiten mit ellenlangen URLs). Bei PartitionMagic ist die fdisk /mbr Prozedur zwingend, wenn die Kopie nicht zurückgespielt wird, sondern die Image-Festplatte zur Startplatte werden soll. Fdisk /mbr macht den GUID neu, was WinXP beim Starten dazu veranlasst in der Registry den neuen GUID bei den Partitionsangaben neu und passend einzutragen. Wenn Du zuviel damit rummachst, meldet sich die Windows-Aktivierung und lässt Dir höchstens 3 Tage Zeit.