Klar kannst du auch Progs auf FAT-Partitionen installiern. Aber die meisten Programme legen halt noch in /lib oder /usr/lib oder an anderen ORten auf der Root-Partitionen Verzeichnisse an oder kopieren Bibliotheken usw. dorthin, so dass die Rootpartition also langsam aber stetig größer wird. Vor allem wenn du die Programme aus Paketen (i.e. rpm's) installierst, wird das der Fall sein. Du könntest natürlich auch diese Hauptverzeichnisse wie /usr auf die FAT-Partition mounten (wie man Verzeichnisse mountet, dafür gibts diverse howtos für im Netz, einfach googlen), allerdings dann wieder mit dem großen Manko, dass jeder der local oder remote Zugriff auf die FAT hat, dort alles tun kann, was er will (eben auch unbeabsichtigt). Also wenn du jetzt nich schon zuviel Arbeit darein gesteckt hast, dann würd ich einfach sagen, dass du noch etwas von der FAT-Partition abkapselst (und von der Swap sowieso)...es ist wirklich extrem nervig, immer um freien Speicherplatz zu kämpfen in Zukunft.
Ausserdem, soweit ich weiss, wenn du ext2 verwendest, gibt's unter Windows ein Tool, mit dem du darauf zumindest Lesezugriff hast (explore2fs heisst dads oder so).
Gruß, FrogPR