Ich verstehe das so, dass Du auf C das Betriebssystem hast + Programme und einige Programme und Daten auf D und E, Partitionen die normaler Weise versteckt sind. Nun ist es so, dass alle Programme ihre Spuren auf C in der Registry hinterlassen und zwar mit Pfadangabe. Wenn Du nun wechselseitige Backups (Images??) von D auf E und umgekehrt machst, stimmen diese Pfadangaben nicht mehr. Daran ist nichts zu ändern.
Wenn Du statt dessen neue Partitionen anlegst (kannst ja mit PartitionMagic Platz schaffen und das damit erledigen), kannst Du mit DriveMapper (enthalten in PartitionMagic) Pfadangaben anpassen lassen. Anpassen geht nur für ganze Partitionen. In Deinem Fall würde den vorhandenen Programmen die funktionieren ein anderer Pfad zugewiesen, denn die Pfade werden von Drive Mapper generell für ein, zwei (was Du eingibst) Buchstaben verschoben...alle auf der Partition werden gleich behandelt
Ich glaube Du bist der Legende aufgesessen, man solle Betriebssystem, Anwendungsprogramme und Daten getrennt installieren. Es gibt dafür eine Reihe guter Gründe, aber die Vorstellung, dass sich Programme einfach so sichern lassen trügt. Programme kannst Du nur sichern, indem Du die Installationsdateien sicherst. Von ganz einfach gestrickten Anwendungen abgesehen.
Du schreibst Du hast ein Image gemacht. Unter Image wird alles Mögliche verstanden. Erkär mal genau welches Programm Du genommen hast und welchen Modus. Ich benutze bei DriveImage nur "Von Datenträger zu Datenträger" und kopiere eine Partition auf eine gleichgroße andere Partition. Partitionen sind für DriveImage "Datenträger".