weil ich ein kleiner chaot bin!
Ich bin mir nicht so sicher ob Dir Tipps für eine "gute Ordnerstruktur" weiterhelfen werden, wenn Du nun selbst schon festgestellt hast, dass Du die Struktur dauernd ignorierst? Als erstes musst Du wohl lernen auch dauerhaft und konsequent in einer Verzeichnisstruktur zu arbeiten.
Wenn Du so häufig mal eben schnell ein neues Betriebssystem installierst, dann solltest Du wohl besser in Erwägung ziehen einen Speicherort zu wählen der unabhängig vom Betriebssystem ist. Also möglicherweise ausschließlich auf der externen Platte, oder vielleicht wäre auch eine "(Cloud-)Sync"-Lösung für Dich das richtige. Hast Du schon mal darüber nachgedacht Deine gesamten Nutzerdaten auf einem NAS zu speichern?