So richtig verstehen kann ich Dein Problem nicht. Für Datensicherung solltest Du schlicht und einfach exakt die selbe Verzeichnisstruktur verwenden in der die Daten auch sonst vorgehalten werden. Lediglich ergänzt um eine Ebene darüber um verschiedene Backup-Revisionen klar zu trennen.
nemesis hat bereits auf die rsync- und hardlink-basierten Verfahren hingewiesen. Das ist unter Linux eine wunderbare Lösung und erlaubt eine Datensicherung mit minimalem Overhead.
Ich setze seit Jahren rsync in Kombination mit einem Shellscript zur Datensicherung ein. Alte Backup-Revisionen werden i.d.R. dauerhaft vorgehalten.
Suche ich nun einen Alten Stand von der Datei $verzeichnis/$dateiname, so finde ich die einfach unter $backup/$zeitstempel/$verzeichnis/$dateiname
Gruß
Borlander