MKVs enthalten die Untertitel in der Regel als 'Softsub', d.h. als eine eigene Datei die dann beim Abspielen auf das Video gelegt wird. Diese Datei kann innerhalb des Containers liegen oder als separate Datei mitkommen. Jedenfalls kann man auf diese Art auch mehrere Untertitelspuren bei einem Video haben und auch problemlos dazwischen umschalten.
Avi-Container unterstützen offiziell keine derart eingebundenen Untertitel (und alle Hardwareplayer unterstützen nur den offiziellen Standard...), da kann man die Untertitel nur 'hardcoden' (d.h. fest in das Video reincodieren). Dann sind die Untertitel aber auch nicht mehr abschalt- bzw umschaltbar...
Die Subs hardcoden kannst zu z.B. mit Avidemux. Öffne das Video, wähle unter Videooutput den gewünschten Codec, dann kannst du unter Filter -> Subtitles einen Filter auswählen und die Untertiteldatei zum Hardcoden auswählen.
Ob Format-Factory eine ähnliche Funktion bietet kann ich nicht sagen, solche Programme verwende ich nicht da sie eigene Codecpakete mitbringen die einem gerne die vorhandene Playbackkonfiguration ruinieren...