Wenn das NT nur 12 V bringt, entfällt natürlich die Sache mit der 5 V Schiene.
Der Elko sollte/müßte dann aber auch bei 12 V funktionieren.
Ich würde es mit 16 V (oder mehr) und 2200 - 3300 µF probieren, eventuell zwei davon (parallel). Bis 4700µF könnte man durchaus noch gehen, spätestens dann sollte es "absolut problemlos" funktionieren. Andernfalls würde ich die Zweckmäßigkeit der Lösung in Frage stellen.
Diese Elkos gibt es schon für 15 Cent und oftmals kann man da auch defekte Boards/sonstige Elektronikgeräte plündern.
Bei 12 V Anschluss am ext. Gehäuse sollte der Elko(-Pack) besser vor den Anschluss des Gehäuses (= außen), da er dann noch vor dem (eventuell vorhanden) Schalter sitzt. Andernfalls könnten beim Abschalten über einen längeren Zeitraum (nur Sekundenbruchteile) undefinierte Spannungen (0-10,8 V) an der HDD anliegen. Das ist so nicht spezifiziert.
"Stromfest" müssten die Elkos hier gar nicht sein, es würden auch die billigen tun. Da die HDD erst Sekunden nach Anliegen der Spannung hochdreht, sollte das klappen.
Trotzdem muss an der HDD während des Einschaltvorgangs und Betriebes mal die Spannung(en) gemessen werden.
Ist der Elko viel zu groß, könnte das NT abschalten (Kurzschlussschutz) - deshalb nicht mit der Kapazität übertreiben.