Du kannst die eigene Struktur neben der Windows-Struktur haben, die Du im Normalfall nicht beachtest. Aber vielleicht wird die Suchfunktion manche vermisste Datei dort auffinden. Das Verschieben - also über Zielordner - den Eigenen Dateien eine Heimat auf einer anderen Partition zu geben ist nur vorsorglich, falls mal Windows oder ein anderes Programm - eh Du Dich versiehst - Daten in einen "Eigene-Dateien-Ordner" ablegt. Dann kannst Du nämlich viel sorgloser ein Backup der C-Partition einspielen, wenn es klemmt.
Anspruchvoll ist eigentlich nur die anfängliche Organisation per PartitionMagic und das Besorgen der Tools (Win98-Startdiskette, ped.exe, Barts PE-Builder). Dann ist das Backup sicher und sehr schnell, übersichtlich und sehr einfach.
Schwieriger und riskanter ist es eine bestehende Partitionen mit Daten drauf in der Größe passend zu machen, wenn sie aus allen Nähten platzt. Windows defragmentiert z.B. nur bis 85% Füllung einer Partition. Backup per Explorer und Drag and Drop ist Festplattenstress. PartitionMagic-Kopieren schreibt hardwarenahe Bit für Bit, während sich andere Backupverfahren entlang der Odner und Dateienstruktur bewegen und damit den Festplattenarm auf Touren halten. PartitionMagic kopiert alles, auch abgespeicherte Internetseiten mit zu langen Pfadnahmen, Dinge die jedes normale Backupprogramm auslässt, oft ohne Warnung. Das sind ja auch die Dinge, die einen bei Drag and Drop zur Verzweiflung treiben können.