Laufwerksbuchstaben änderst Du in der Datenträgerverwaltung (siehe Windows-Hilfe). Dafür müssen oftmals zunächst Laufwerksbuchstaben gelöscht werden. Also da austragen, keinesfalls Partitionen löschen!!
Ich weiß nicht, ob Ghost Laufwerke versteckt, die müssten ev. erst wieder auf Anzeigen gestellt werden. Das geht mit PartitionMagic oder z.B. mit testdisk (in die Nickles-Suche eingeben). Wenn testdisk die Partitionen repariert, schaltet es auch alle Partitionen auf anzeigen. Bevor Du aber so tief eingreifst, solltest Du Deine Partitionierung (die Primären Partitionen) per ped.exe (Google-Suche!) sichern. Vorsicht, ped.exe sichert stets auch den MBR der zweiten angeschlossenen Festplatte, es darf sich nichts verändern (Platten nicht tauschen, Partitionsgrößen nicht verändern...oder die ped.exe-Sicherung erneuern.)
Du scheinst bei Deinem Cloning-Vorhaben ja Glück gehabt zu haben, denn es droht Ungemach:
"Schwierigkeiten drohen, wenn man eine Windows-Installation auf eine zweite Festplatte kopiert, beispielsweise mit Hilfe einer Imaging-Software [3]. Wenn man danach die beiden Platten physikalisch tauscht und den Windows-Klon startet, sind unter Umständen paradoxe Effekte zu beobachten: Obwohl die Windows-Kopie zunächst von der primären Festplatte startet, zeigt der Registry-Eintrag für Laufwerk C: weiterhin auf die Original-Platte - die mittlerweile an einem anderen Anschluss hängt. Das fällt schlimmstenfalls erst dann auf, wenn man die Original-Platte später aus dem System entfernt.
Wenn die Zielpartition, auf die man das System kopiert hat, im Originalsystem unter einem anderen Laufwerksbuchstaben bekannt war, etwa Laufwerk D:, übernimmt der Klon auch diese Zuweisung. Dann geht der Systemstart mit nur dieser Platte im System schief, weil Windows sein eigenes Bootlaufwerk als D: führt und C: nicht zuordnen kann. Typisches Symptom: Der Bootvorgang bleibt kurz vor dem Anmeldebildschirm einfach stehen."
Festplatten-ABC