Nur mal so ein paar kleine Dazwischenfragen rein philosophischer Nuancierung:
Auf welcher Platte ist dein Betriebssystem installiert? Welche Partitionierungen weisen deine Festplatten in deiner Festplattenfarm genau auf? Hast du vielleicht die Platte auf der das Betriebssystem sich befindet von einem an den anderen Controller gewechselt? Dann würden selbstverständlich die zum Booten notwendigen Treiber fehlen, da sie ja schon bei der Installation, also von Anfang an, korrekt im System verankert werden müssen.
Vielleicht musst du ja auch nur die boot.ini bearbeiten.
Da du aber nicht weißt, welche Einträge da für welche Platte zu machen sind, rate ich zu einem anständigen Backup und danach einer Probe- bzw. Testinstallation. Diese soll nur dazu dienen, heraus zu bekommen welche Platte wo an welchem Controller und vor allem in welcher Reihenfolge von Windows eingestuft wird. Dafür solltest du dir aber genau im Klaren sein, auf welcher Festplatte du herum nudelst. Das wird schon mal recht schnell unübersichtlich. Die neu angelegte boot.ini ist am Ende dieser Installation dann das Objekt der Begierde.
Du könntest natürlich auch versuchen die boot.ini durch "try an error"-Änderungen hin zu biegen, dass kann aber zu einer regelrechten Sysiphusarbeit ausarten, da du ja nirgendwoher Infos für die Controllerreihenfolge herholen kannst. Wer weiß, ob Linux dafür eine Hilfe ist.
Btw, wenn du noch zur Betriebssystemauswahl kommst, kannst du dann im abgesicherten Modus starten? Fährt er da noch hoch?