Ich würde da gar nicht lang rum überlegen. Es ist völlig egal, ob die CPU stabil läuft oder nicht. Die Dinger kosten viel Geld und Du hast ein Anrecht auf ein unversehrtes Produkt. Dabei ist auch egal ob diese Kratzer irgendeine Auswirkung haben oder nicht, denn deren bloße Existenz wirken sich direkt auf den Wiederverkaufswert aus, wie Du ja schon selbst gesagt hast.
Je länger Du das Ding laufen hast, umso schwieriger wird es außerdem, dem Händler glaubhaft zu machen, das nicht DU die Kratzer verursacht hats. Die ersten 6 Monate nach Kauf ist zwar der Händler in der Beweispflicht ( sprich er muß DIR beweisen können, dass der Schaden durch deine Person verursacht wurde ), andererseits kann er sich auch auf stur stellen und unfachgemäßen Einbau unterstellen - in diesem Fall geht die Garantie bei der CPU flöten.
Worauf ich hinauswill: Bring das Ding sofort zurück, in Zukunft bau es gar nicht erst ein, wenn Du Kratzer bemerkst. Spart evtl. ne Menge Ärger.
Gruß