Vergiss mal Deine Vorurteile gegenüber FAT32. Aber richte ruhig zwei kleine FAT16-Partitionen als Logische Partitionen am Ende der Festplatte ein. Da kannst Du Browser-Cache und Auslagerungsdatei drauf legen, das erhöht die Stabilität. Und wenn Du fertig bist sichere Deine Partitionstabelle, das hilft in vielen Fällen.
Partitionstabellen der ersten Festplatte sichern mit ped.exe, zu finden auf dieser Internetseite (Programmsammlung):
http://home.t-online.de/home/SigiBader/download.html
Das ped.exe-Programm spielt man am besten auf eine Win98 bzw. DOS-Startdiskette auf (soviel Platz ist da noch).
Achtung bei der Reparatur, erst fdisk /mbr (bzw. entsprechendes Tool für WinXP) durchführen, dann die Sicherung aufspielen.
Im MBR werden nur die Einträge der Primären Partitionen gesichert!
Außerdem würde ich eine zweite Betriebssystempartition vorsehen auf der ein Installationswindows liegt, also Notfallsystem, das normaler Weise "versteckt" wird (kein Laufwerksbuchstabe). Würde alles mit Hilfe von PartitionMagic und DriveImage regeln, ältere - völlig ausreichende - Versionen gibt es auf Computerzeitschriften-CDs. Auch die Daten würde ich auf eine Extra-Partiton legen. Ich denke dann kommst Du auf drei Primäre Partitionen und zwei Logische Partitionen.