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Neues THINK und neues Protein !

Bombenleger / 28 Antworten / Flachansicht Nickles

Hi Cruncher

Dieses Posting diente bis 14.12.2001 als Fortschritts-News in Sachen aktueller UD-Updates.

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In naechster Zeit kann es Download-Schwierigkeiten geben:

THINK-Update und die neuen Proteine

- "Fibroblast GF Recept." 1AGW (FGF) (aehnelt Q3 und ist Kinase):

==> 12 Molekuele à 100 Derivate je % = 1200 Molekuele je WU = LRMs

- "Cyclin Dep. Kinase 2" 1AQ1 (CDK2) (Spaghetti-Eis ?):

==> 20 Molekuele à 100 Derivate je % = 2000 Molekuele je WU = MfHs (?).

Depends on how you define LRM.

Some people call a LRM something that runs more than an hour. Some
people call it something that runs more than 5 hours. Others think
something longer than 50 hours LRM...

Expected run time for a WU is 15-20 hours on a PII 400. Will they run
past that? Yes. However timing tests done in beta and alpha wus
averaged ~20 hours or so. But as usual there is no real way to tell if
a WU is a LRM until it is run.

Thanks
moose


Und ich dachte immer die wuerden ihr Comparison Device crunchen lassen.

Happy crunching und nicht sauer sein wenns ab jetzt laenger dauert ...

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Was hat sich eigentlich ausser dem Grafikupdate im THINK geaendert ?

Es ist kaum zu glauben, aber die Eigensicherung, ohne Hilfsmittel,
findet jetzt jeweils nach jedem beendeten Molekuel statt bzw. alle
100 Derivate. Das nenne ich Fortschritt, denn vorher wurde ja nur
jedes volle % gesichert und das wuerde bei 1AGW, 1AQ1 erheblichen
Zeitverlust bedeuten, wenn innerhalb eines % der Agent beendet wuerde.

Jetzt meint Ihr bestimmt, was denn, vorher hatte 1 % nur 1 Molekuel.
Das mag bei RAS, 6COX noch stimmen, aber VEGF und SOD haben 2 je %
und die TKs mindestens 2. Nur bei den neuen faellt es auf das je
Molekuel gesichert wird, waehrend bei den alten fruehestens je %
gesichert wurde. Das liegt aber daran das die Molekuele der alten
um einiges schneller, da weniger umfangreich, berechnet wurden.

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Was hat sich durch diese Updates im Agenten geaendert ?

Absolut nichts. Ich hatte mich schon mehrfach beschwert das die Zeit/Punkte
im Agenten von den Web-Statistiken abweicht und es sollte jetzt behoben
sein. Alles Quatsch. Das einzige was die behoben haben war die Anzeige-
differenz zwischen der Member- und Team-Statistik in den Web-Routinen.
Im Agenten selbst sind zwar minimale Unterschiede, aber was stimmt denn
nun ? Kurz nachdem THINK fertig ist kann man noch die Task-Time im
Agenten sehen, bevor er auf Preparing/Analyzing/Connecting wechselt.
Genau diese Zeit wird zum vorherigen Gesamt im Agenten addiert. Das
bedeutet also der Agent stimmt und die Web-Statistiken "schoenen",
wenn sie ueberhaupt "upgedated" werden (von regelmaessig keine Spur).

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PS: RM hat seine alte Page wieder online.

Damit UD-Mon die Teil richtig erkennt, einfach die UD_Mon.ini editieren
und unter proteins die Zeilen 891437=1AGW und 897782=1AQ1 einfuegen,
wenn das Frontend selbst keine Moeglichkeit zur Anpassung bietet.
Desweiteren sind im entsprechenden Cache alle ud_7xxx.exe, sowie
ud_7xxx.dll ueberfluessig, denn das neue THINK benutzt jetzt ud_895166.exe
und ud_895167.dll, natuerlich nur wenn der Cache bereits "upgedated" ist.



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Bombenleger K!llkenny „man könnte fast denken, dass du bockig bist. das links die stoffe stehen und...“
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Hi Kenny

Endlich einer der es erkannt hat, ich bin nicht nur alt sondern fuehl
mich auch so. Die Bezeichnung finde ich gut, ist die als User noch frei ?

Hier ist die englische Beschreibung zu THINK.

Habe das Teil mal von dictonary.com uebersetzen lassen und das kam
dabei raus (ist etwas spaet es anzupassen deshalb 1 : 1 reinkopiert):

DENKEN erklärtes Screensaver

DENKEN
DENKEN ist ein Drogeentdeckungsoftware-Programm. Das Programm bewertet jedes von Hunderten Millionen Molekülen, um zu sehen, wenn sie wahrscheinlich sind, auf ein Zielprotein einzuwirken. DENKEN Sie errechnet und studiert die vielen möglichen Formen, oder conformers, das Molekül konnten das Einwirken auf das Protein annehmen. Dieser Prozeß wird virtuelle Siebung der Moleküle genannt.

Conformers
DENKEN erforscht die 3-dimensional Formen, die jedes Molekül annehmen konnte. Jede neue Form der Moleküle kann den rechten Teilen des Moleküls helfen, das mit dem Proteinziel interaktiv ist. DENKEN Sie tut dieses sehr schnelle-so schnelle Ihr Monitor kann nicht jedes Molekül oder Anpassung zeigen. Deshalb bewegt die Anpassungzahl so schnell. Die Gesamtzahl conformations unterscheidet sich Molekül zum Molekül. Einige Moleküle können mehr Bindungen oder Flexibilität haben und folglich werden mehr conformers haben.

Aktuelles Molekül
Die 3-dimensional Bilder auf dem links sind Darstellungen der realen Moleküle. Die Darstellungen bestehen verschiedene Atome und Bindungen, die erscheinen, während farbige Kugeln zusammen mit Stöcken sich setzen. Die " Stöcke " stellen die Bindungen zwischen den Atomen dar. Die " Kugeln " stellen unterschiedliche Atomelemente, die das Molekül bilden, mit unterschiedlichen Farben dar, um spezifische Elemente darzustellen.

Molekularer Name
Dort sind Hunderte Millionen Moleküle, die verarbeitet werden. Es gibt so viele, denen Kennungen, eher dann Namen, benutzt werden, um sie aufzuspüren. Die Zeichen, die den Wörtern " aktuellem Molekül " folgen, zeigen an, daß das Molekül, das DENKEN, aktuell rastert.

Aktuelles Proteinziel
Das Bild am Recht des Bildschirms stellt ein Protein dar, das die Moleküle einwirken können auf. Das Protein ist bereits festgestellt worden, um ein mögliches Ziel für Krebstherapie zu sein. **time-out** es sein ein von nur einig Protein Ziel daß d Millionen von Molekül sein rastern gegen für dies Projekt, also d gleich Protein Ziel werden sein kennzeichnen auf d Bildschirm Retter für eine Weile.

Atomlegende,
was Elemente jedes Molekül bilden? Sie können die elementaren Bestandteile der Moleküle abbilden, indem Sie die Legende verwenden, die Codes die Elemente färben. Es gibt einige Primärelemente, die alle biologischen Moleküle bilden, die auf die Legende gesehen werden können: Carbon, Sauerstoff, Wasserstoff, Stickstoff und Schwefel.

AtomHetero
Hetero Mittel " unterschiedlich ". Eigenschaft einiger schließt Primärelemente stark in den biologischen Molekülen, aber manchmal ein Molekül ein Atom mit ein, das nicht eins der üblichen biologischen Elemente ist. Ein heteroatom könnte jedes unterschiedliche Atom sein, das nicht in der Legende dargestellt wird. Z.B. kann es Chlor sein, oder es kann ein anderes Element sein. Das heißt, bedeutet die heteroatomfarbe jedes andere unterschiedliche Atom, das nicht eins der üblichen fünf Atome ist, die den meisten lebenden Stoff bilden.

Hit
wenn eine molekulare Anpassung ankoppelt erfolgreich und startet eine Abhängigkeit mit dem Protein, es registriert, wie ein " Hit.", Hits haben unterschiedliche Stufen der Stärke, aber irgendeine geschlagen kann die sein, die schließlich zu eine Heilung führt. Alle Hits werden für das folgende Stadium des Projektes gespeichert, geordnet für Stärke der Abhängigkeit und archiviert.

Strukturen De Novo
manchmal ein Molekül können Extrapotential haben, wenn es etwas auf gewisse Weise geändert wird. DENKEN Sie betrachtet kleine Varianten oder Atomersatz, die Zahl den Molekülen zu erhöhen, die ausgewertet werden. Diese neuen geänderten Moleküle sind Ableitungen de Novo oder Strukturen, die auch auf dem screensaver aufgespürt werden.

Fortschrittstab
der Stab entlang der Unterseite der Molekülgraphik zeigt, wie weit entlang in der Arbeitsmaßeinheit Ihr PC weitergekommen ist. Eine Arbeitsmaßeinheit wird von einigen Molekülen enthalten. Die Moleküle können in Größe und in Zahl von conformers beträchtlich schwanken, wenn die flexibleren Moleküle länger zu rechnen nehmen. Diese Vielzahl in den Molekülen ist, was die Vielzahl der Zeit berechnet, die sie zu den kompletten unterschiedlichen Arbeitsmaßeinheiten dauern kann.

Knöpfe
die Tasten auf der graphischen Schnittstelle erlauben Zugriff zu mehr Informationen über das Projekt und die Arbeit, die Ihr spezifischer Computer erledigt. **time-out** dies umfassen Information über wie es vergleichen zu ander Computer, und was Ihr Mittel Präferenz sein, welch sein wie Sie wünschen d Mittel zu laufen lassen auf Ihr Maschine.

Solltest Du bis hierhin unfallfrei gekommen sein wuensche ich viel
Spass beim vermehren der gewonnenen Einsichten, sowie eine gute Nacht.

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