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Neues THINK und neues Protein !

Bombenleger / 28 Antworten / Flachansicht Nickles

Hi Cruncher

Dieses Posting diente bis 14.12.2001 als Fortschritts-News in Sachen aktueller UD-Updates.

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In naechster Zeit kann es Download-Schwierigkeiten geben:

THINK-Update und die neuen Proteine

- "Fibroblast GF Recept." 1AGW (FGF) (aehnelt Q3 und ist Kinase):

==> 12 Molekuele à 100 Derivate je % = 1200 Molekuele je WU = LRMs

- "Cyclin Dep. Kinase 2" 1AQ1 (CDK2) (Spaghetti-Eis ?):

==> 20 Molekuele à 100 Derivate je % = 2000 Molekuele je WU = MfHs (?).

Depends on how you define LRM.

Some people call a LRM something that runs more than an hour. Some
people call it something that runs more than 5 hours. Others think
something longer than 50 hours LRM...

Expected run time for a WU is 15-20 hours on a PII 400. Will they run
past that? Yes. However timing tests done in beta and alpha wus
averaged ~20 hours or so. But as usual there is no real way to tell if
a WU is a LRM until it is run.

Thanks
moose


Und ich dachte immer die wuerden ihr Comparison Device crunchen lassen.

Happy crunching und nicht sauer sein wenns ab jetzt laenger dauert ...

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Was hat sich eigentlich ausser dem Grafikupdate im THINK geaendert ?

Es ist kaum zu glauben, aber die Eigensicherung, ohne Hilfsmittel,
findet jetzt jeweils nach jedem beendeten Molekuel statt bzw. alle
100 Derivate. Das nenne ich Fortschritt, denn vorher wurde ja nur
jedes volle % gesichert und das wuerde bei 1AGW, 1AQ1 erheblichen
Zeitverlust bedeuten, wenn innerhalb eines % der Agent beendet wuerde.

Jetzt meint Ihr bestimmt, was denn, vorher hatte 1 % nur 1 Molekuel.
Das mag bei RAS, 6COX noch stimmen, aber VEGF und SOD haben 2 je %
und die TKs mindestens 2. Nur bei den neuen faellt es auf das je
Molekuel gesichert wird, waehrend bei den alten fruehestens je %
gesichert wurde. Das liegt aber daran das die Molekuele der alten
um einiges schneller, da weniger umfangreich, berechnet wurden.

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Was hat sich durch diese Updates im Agenten geaendert ?

Absolut nichts. Ich hatte mich schon mehrfach beschwert das die Zeit/Punkte
im Agenten von den Web-Statistiken abweicht und es sollte jetzt behoben
sein. Alles Quatsch. Das einzige was die behoben haben war die Anzeige-
differenz zwischen der Member- und Team-Statistik in den Web-Routinen.
Im Agenten selbst sind zwar minimale Unterschiede, aber was stimmt denn
nun ? Kurz nachdem THINK fertig ist kann man noch die Task-Time im
Agenten sehen, bevor er auf Preparing/Analyzing/Connecting wechselt.
Genau diese Zeit wird zum vorherigen Gesamt im Agenten addiert. Das
bedeutet also der Agent stimmt und die Web-Statistiken "schoenen",
wenn sie ueberhaupt "upgedated" werden (von regelmaessig keine Spur).

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PS: RM hat seine alte Page wieder online.

Damit UD-Mon die Teil richtig erkennt, einfach die UD_Mon.ini editieren
und unter proteins die Zeilen 891437=1AGW und 897782=1AQ1 einfuegen,
wenn das Frontend selbst keine Moeglichkeit zur Anpassung bietet.
Desweiteren sind im entsprechenden Cache alle ud_7xxx.exe, sowie
ud_7xxx.dll ueberfluessig, denn das neue THINK benutzt jetzt ud_895166.exe
und ud_895167.dll, natuerlich nur wenn der Cache bereits "upgedated" ist.



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polytaen Bombenleger „Neues THINK und neues Protein !“
Optionen

Hi ihr,
das kam vom Bombenleger:

> - Protein besteht aus mehreren
> - Molekuelen (Molecule) und die wiederum aus mehreren
> - Derivaten (Abschnitte) die wir berechnen sollen, diese haben
> bestimmte
> - de novo structures (Strukturen) und die legen wiederum die
> - conformers (Uebereinstimmungen) fest, auch wenn grafisch nur die
> 1. angezeigt wird


Nun ich kenn das Projekt an sich nicht so gut, bin aber in der Materie fit (ui klingt das arrogant, solls aber nicht) und hab gerade THINK heruntergeladen und bin dem Team nickles beigetreten. So wie ich das sehe macht ihr folgendes:

Protein = Eiweiss im menschlichen Körper (daraus besteht alles), das können z.B. Werkzeuge des Körpers sein; Schneidewerkzeuge etc.

Molecules = Teile, die in das aktive Zentrum das Eiweiss' (Proteins) reinpassen sollen, nach dem Schlüssel-Schloss-Prinzip

Derivate = Verändertes Molecule. Um ein Schlüssel genau anzupassen wird er etwas verändert (derivatisiert). Das kann man mit dem "Zurechtschleifen" des Bartes eines Schlüssels vergleichen, nur komplizierter, diese Dinger berechnet man und schaut, ob sie reinpassen

de novo structures = neue Strukturen, die neu berechnet wurden (de novo = aus dem nichts, neu). Hab ich noch nicht bei mir im client gefunden, werd aber mal schauen. Vermutlich werden aus existierenden Molekülen die am besten passende genommen, Zwischenstufen berechnet und diese wieder in das Protein gefittet.

conformers = sind vermutlich potentielle Molekülderivate, die sehr gut in das Protein zu passen scheinen. Diese müssen experimentell überprüft werden, oder aus diesen werden de novo structures berechnet.

Das "current Protein target" ist das Protein, für das die "Schlüssel" bzw. "Molecules" berechnet werden.

Klingt alles unglaublich kompliziert. Isses aber eigentlich nicht. Der Ansatz ist interessant, da ich Moleküle für Cyclooxygenase2 berecne. Ich weiss nicht, was die mit Krebs zu tun hat, werd mich aber mal schlau machen.

Bis denne
poly

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