Probier mal ne andere Diskette und formatiere sie vorher vollständig, also NICHT mit Quick-format. Verändere besser nicht den Bootsektor von Windows, bzw. repariere ihn, denn es ist ja wohl schon passiert. Soweit ich das sehe müsstest Du ihn mit killmbr killen und mit fdisk /mbr neu aufspielen. Ist aber ziemlich riskant, ich übernehme keine Garantie... und hole erst mal noch ein paar andere Meinungen ein, bevor Du das riskierst.
Spiele Lilo auf Diskette und für den Linux-Start nimmst Du immer die Diskette und Windows sollte ohne Diskette wie bisher starten. Lilo also einfach nur für Diskette und nur für Linux einrichten. Wenn das mit der Diskette mal nicht klappt, kommst Du zur Not immer über die SuSe-CD an die Partitionen heran, indem Du z.B. über Yast 1 startest: Wie zur Installation starten, Yast 2 abbrechen, zu Yast 1 wechseln wie zur Installtation, dann aber auf die Bootmöglichkeit umwechseln und die richtige Partition suchen/eingeben. (systematisch oder probieren).
Es scheint das Zuverlässigste zu sein, Lilo einfach zu halten und den MBR Windows zu überlassen. Nebenbei, ich denke es ist ein Flüchtigkeitsfehler: Der Schreibschutz der Diskette sollte NICHT aktiviert sein.
Für die Zuverlässigkeit der Festplatte ist es besser den mbr besonders gründlich zu löschen:
http://www.heise.de/ct/ftp/result.xhtml?url=/ct/ftp/ctsi.shtml&words=killmbr
SuSE 7.0 war nicht sonderlich gelungen. Wenn Du ausweichen kannst und ältere Hardware hast, versuche lieber eine Computerheft-CD mit Version 6.4. Du kannst wenn alles läuft und wenn Du ein Backup der Installation hast (DriveImage, von Datenträger zu Datenträger, Partitionen sind Datenträger) immer noch versuchen auf 7.0 upzudaten. Oder Du besorgst Dir gleich Version 7.3.
Noch ein Tipp: Bootmanager oder Partitionierungswerkzeuge nicht wechseln. Sie sind nicht miteinander kompatibel und man muss sich festlegen. Sonst wird die Festplatte unzuverlässig und man muss Low Level formatieren.