Ich nehme an, dass die Eigenentwicklungen der Whatsapp-Clone für Windows und Mac diese Einschränkung programmiertechnisch umgehen
Nee, das ist im Prinzip oder sogar genau genommen, ein Spiegel Deiner WhatsApp App des Mobilgerätes. Somit existiert dei Anmeldung bei Wahtsapp nur über das Mobilgerät. Mit dem, Programm bzw. der Browseranwendung (https://web.whatsapp.com/) greifst Du übers I-Net auf das Mobilgerät zu.
Eins muss dabei auch klar sein, die Sicherheit der übertragenen Daten würde ich eher im Bereich "naja" bis "eher zweifelhaft" einstufen. Aber das betrifft ja wohl WahtsApp im Ganzen schon.
Der Programmierer schreibt dazu auf seiner Seite:
There is no WhatsApp API or something else to build a full native App. Waom/Waow is a Hybrid App. It's basically a stand-alone chromium/webkit engine to display the Messenger and a Bridge to Notify you (Badgecount and Notifications etc.).