ich habe den PC jetzt ohne CD im abgesicherten Modus gestartet, was auch geklappt hat.
Dann klappt das bestimmt auch noch einmal und dann öffnest Du eben die Eingabeaufforderung und gibst dort besagtes chkdsk C: /r/f ein. Beim nächsten Neustart wird die Platte geprüft und korrigiert. Das kann jedoch recht lange dauern.
Besser wäre das trotzdem gleich von CD, weil das Laufwerk nicht eingehängt/gelockt sein darf für das Prüfen.
Bei einem anzunehmend so verkorksten System wäre es vermutlich besser, mit z.B. UltimateBootCD die Platte zu prüfen und dann erst chkdsk auszuführen oder evtl. gleich neu zu installieren, wenn diese noch in Ordnung ist.
http://ubcd.sourceforge.net/