Das Verfahren über die Software-Repositories ist erst einmal deutlich sicherer, u.A. auch weil die Software dort jeweils mit einem privaten Schlüssel signiert wird. So lange der nicht in falsche Hände gerät können dritte dort also nichts unbemerkt an den Paketen verändern.
nur bestimmte Softwarequellen
Da sollte man zumindest sehr vorsichtig sein und nicht wild ohne nachzudenken alles mögliche mit in die Paketquellen aufnehmen, sondern nur das allernötigste und auch nur aus vertrauenswürdiger Quelle.
Eine weitere Gefahr sehe ich auch durch Browsererweiterungen und deren Updates. Bei FF gibt es da AFAIK bislang keine Signatur-Verfahren. Ich empfehle daher für Online-Banking auf keinen Fall das selbe Browserprofil zu nutzen wie beim normalem Surfen. Mit einem eigenen Browser-Profil (in dem auf Erweiterungen verzichtet werden sollte, sofern diese nicht explizit die Sicherheit verbessern), oder gleich einem eigenen Benutzer-Account, oder eben mit einer jedesmal frischen Live-Umgebung wie ctBankix…
Gruß
Borlander