Moin,
wenn es um eine Backup-Platte mit sensiblen Daten geht, da setze ich auch lieber auf eSATA. Bei USB ist immer noch ein zusätzlicher Controller im Spiel, der meist Grund für die Probleme ist. Viele externe Platten sind nicht defekt, wenn man sie direkt im PC anschließt, sondern lediglich der Controller im USB-Gehäuse.
Du solltest bei einem externen Gehäuse auch auf eine ordentliche Kühlung achten. Es sollte zumindest komplett aus Alu bestehen, oder besser einen Lüfter haben. Viele Gehäuse (z.B. Iomega) nutzen Plastikgehäuse und das kann nicht lange gutgehen.
Zwischen einer externen eSATA-Platte und den internen wirst Du keinen Unterschied feststellen. Im Gegensatz zu USB werden diese beim Booten gleich erkannt und man kann auch auf ihnen installieren etc.
Gruß
Maybe