Möglicherweise benutzen das Betriebssystem und die Anwenderprogramme verschiedene Zeichensatztabellen nach verschiedenen Industrienormen. Ein Zeichen wird ja intern als Zahl gespeichert. Diese Zahl bezieht sich auf eine Position in einer Tabelle, wo der PC sich das Zeichen holt. Bei unterschiedlichen Zeichensatztabellen stehen die Zeichen an verschieden Positionen in der Tabelle und werden so vertauscht.
Du mußt die Handbücher/ Hilfetexte zu Betriebssystem und dem jeweiligen Anwendungsprogramm studieren, ggfs. beim Hersteller danach fragen, oder googlen unter dem Namen der Anwendung und "Zeichensatztabelle".
Es gibt auch eine Möglichkeit in Windows, zwischen verschiedenen Sprachen und Zeichen hin und her zu schalten. Möglicherweise gibt es dazu eine spezielle Windows-Version. Früher gab es Windows CEE für osteuropäische Schriften. Vielleicht ist das jetzt integriert.
www-Fundstellen:
http://homepage.ruhr-uni-bochum.de/Thomas.Ihnken/Zeichentabelle.htm
http://www.nt.evtheol.uni-muenchen.de/service/texte/griechisch/index.html
http://www.paraschoudis.de/vorlagen/anleitung1.htm
http://www.univie.ac.at/griechisch/index3.htm
http://www.in-greece.de/forum/beitrag/56649-griechische-schriftzeichen