Einzig beachten sollte man die unterschiedlichen Zeilenumbruchformate! Windows nutzt als Zeilenumbruch \n\r, während Unices nur \n nutzen (und traditionelles MacOS afair \r). Daher werden DOS-Dateien unter Unices mit einem oft störenden, aber ansonsten harmlosen Sonderzeichen am Schluss dargestellt, während Unix-Dateien unter DOS/Windows auf eine Zeile gestaucht sind, mit einem Kästchen als "Zeilentrennindikator".
Abhilfe schafft ein Formatkonverter. Unter Debian heisst das passende Paket tofrodos und bringt die praktischen Befehle dos2unix, unix2dos, todos und fromdos mit. Der Dateiname sollte selbsterklärend sein.