ME kann wie 9X generell nur von der 1. Platte starten (Anfang!) und ist dabei sogar recht anspruchslos. Von einer anderen Platte kann es nur mit speziellen Bootmanagern gebootet werden. Wenn die ME-Partition aktiv (primär und am Anfang der Platte) ist, sollte es klappen.
Hast du die neue Platte (mit ME) schon wieder als "primary Master" gehängt/gejumpert (und ggf. die alte Platte ausgebaut)?
Aufpassen solltest du aber bei der Größe: bei Festplatten >127 GB droht u. a. der Daten-GAU, wenn keine Maßnahmen ergriffen wurden.