Ich habe es schon erlebt bei leichten Festplattenunstimmigkeiten (Stromausfall beim Booten o.ä.), dass Windows auf leicht veränderte Daten reagiert und den Festplattenbuchstaben C "einkassiert" und nicht wieder vergibt. Ich rette in so einem Fall meine Daten, bzw. habe auf C gar keine Daten liegen und spiele das Backup ein.
Vermutlich musst Du den MBR völlig löschen, neu erstellen lassen und mit testdisk eine Partitionstabelle bauen lassen. Vorher würde ich aber tunlichst die Daten sichern, E-Mails, Favoriten, Texte, Bilder, überhaupt so alles auf dieser Festplatte. Ohne ordentliches Backup hast Du nun viel zu tun.
Die einfachste Sicherung gegen solche Unpässlichkeiten ist die Erstellung einer ped.exe Diskette (auf Win98-Startdiskette => googeln). Achtung ped.exe-Sicherungen darf man nur zurückspielen wenn sich die Partitionierung nicht verändert hat. Ped.exe behandelt auch stets alle angeschlossenen Festplatten, man sollte z.B. die Festplatten nicht vertauscht anschließen, wenn die Sicherung eingespielt werden muss.