Controler sind schneller als Festplatten.
Der Unterschied der Transferwege dürfte kaum Unterschiede aufweisen, also ob Master-Slave oder an unterschiedlichen Controlern...wobei ja bei IDE der Controler eigentlich auf der Festplatte sitzt und UDMA einen recht direkten Transfer (Durchwinken der Daten) ermöglicht.
Das Tempo ist durch die Festplatten selber begrenzt und da ist das Schreiblaufwerk von Interesse, weil unter Windows (nicht unter DOS) eine Kontroller der geschriebenen Daten erfolgt, was die Geschwindigkeit etwa halbiert. Dafür wird unter Windows zugleich gelesen und geschrieben (DOS kennt kein Multitasking), wenn zwei Platten am Werke sind und ich denke wegen des Schnittstellentempos geht Lesen und Schreiben praktisch zugleich.
Wenn die Daten nicht am Stück geschrieben werden, sondern über die Partition gesucht werden, bricht die Transfergeschwindigkeit ganz grob (nach Dateigröße unterschiedlich) um den Faktor 10 ein, dann ist die Schnittstelle überhaupt kein Thema mehr.
Weil ich viel mit Wechselrahmen jongliere und in der Regel auf den Platten ein Betriebssystem installiert ist, hat es sich beim Transfer großer Datenmengen (Filme) als praktisch erwiesen, meine beiden Wechselrahmen als Master anzuschließen.