Ich sehe gerade - ich habe den Text reinkopiert - natürlich nicht nur eine Partition für die Reparatur der Boot.ini angeben, sondern sowohl Win98- wie auch WinXP-Partition.
Der Bootmanager von Windows XP reicht völlig für Win98 und WinXP. Höchstens wenn Du die Win98-Partition formatierst, dann würde auch WinXP nicht starten, weil WinXP seine Dateien Boot.ini, ntldr und ntdetect.com stets auf der ersten Partition ablegt, soweit diese bei der WinXP-Installation als sichtbar im MBR eingetragen ist.
Man kann WinXP aber auch autonom installieren mit einem Win98 davor, dazu müsste man mit PartitionMagic oder ähnlichen Tools die Win98-Partition verstecken. Man kann dann auch zwischen den Installationen wechseln, ganz ohne Bootmanager, indem man mit PartitionMagic Disketten (Startdiskette + Programmdiskette) jeweils die gewünschte Partition aktiv setzt.