wenn dein windows im arsch ist, und du es neu aufspielst, gehen auch die verknüpfungen usw. zu den programmen auf d: verloren, und des bedeutet dass so ziemlich kein programm mehr läuft.
Wenn die auf der Systempartition installiert wurden laufen die Programme anschließend auch nicht mehr - einen Nachteil hat man dadurch also in keinster weise...