Du könntest die boot.ini editieren und den nicht benötigen Eintrag löschen. Dann ist Schluss mit der Fragerei. Du findest in dieser Datei zwei Zeilen, die etwa so aufgebaut sind:
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP" /fastdetect
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(2)\WINDOWS="Microsoft Windows XP" /fastdetect
Die "1" steht dabei für Laufwerk C:, die "2" für Laufwerk D:. Hättest du dagegen 5 Partitionen, als CDEFG durchnumeriert, und hättest du die Systeme auf C: und G: installiert, sähen die Einträge so aus:
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP" /fastdetect
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(5)\WINDOWS="Microsoft Windows XP" /fastdetect
Nun stellt sich die Frage, welches System von beiden das neu installierte ist - ich fürchte, das auf der weiter hinten liegenden Partition. Und das wäre nicht so günstig. Funktionieren tut es zwar, solange du NTFS als Dateisystem benutzt, das Problem ist bloß, du hättest dann Laufwerk D: oder G: oder was weiß ich als Systempartition, aber nach wie vor C: als Startpartition, d.h. für das System lebenswichtige Dateien wie NT-Loader oder die boot.ini würden nicht auf der selben Partition liegen wie das System.
Das ist technisch machbar, aber sehr unpraktisch, falls du z.B. mal ein Image ziehen und später wieder einspielen willst. Dafür sollte ein System sich schon auf eine Partition beschränken. Ich möchte dir deswegen nahelegen, das System noch einmal neu zu installieren, und zwar diesmal auf Laufwerk C:. Das dort bereits vorhandene System kannst du einfach überbügeln, d.h. im Setup-Mode von der System-CD einfach formatieren und XP neu installieren, sofern du keine persönlichen Daten mehr dort liegen hast.
Oder hast du das 2. System doch auf C: installiert und das ältere "weiter hinten"? Dann ist es ganz einfach: Von C: booten, die zweite Systempartition sowie den 2. Eintrag in der boot.ini löschen (d.h. den, der *nicht* auf Partition(1) verweist, sondern auf eine höhere Nummer). Dabei musst du sehr sorgfältig vorgehen, wenn die Boot.ini fehlerhaft ist, kann das System nicht mehr booten!
CU
Olaf