Leider kann ich Dir nicht 100%ig weiterhelfen. Ich selber habe Windoze und eCs auf jeweils einer primären Partition installiert (damt die sich nicht gegenseitig sehen, denn Windoze Datei-Systemtools haben in der Regel keine Ahnung von "Erweiterten Attributen" (BTW, deshalb sollta man Win Tools auch nicht über OS/2 oder eCs Partitionen bügel, aber das nur am Rande).
Hast Du die Partition als Installationpartition markiert? Das geht mit dem LVM. Wie startest Du die Installation? Normalerweise bootet man von der eCs CD. Dann kommst Du in den LVM (Logical Volume Manager). Die Anleitung dazu sollte man sich durchlesen, denn LVM arbeitet etwas anders als z.B. FDISK. Es ist z.B. möglich, Volumes anzulegen, die mehrere Partitionen beinhalten. Sowas muß man dann allerdings auch JFS formatieren. Das eCs Bootlaufwerk muß jedoch HPFS formatiert sein, allerdings macht das die Installationsroutine auch alleine.
Um trotzdem JFS als Dateisystem zu nutzen (was einige Vorteile bringt, (z.B. frei-einstellbarer Plattencache, bessere Performance), ist es sinnvoll, ein kleines HPFS Bootlaufwerk fpr eCs anzulegen, und eine zweite große Partition mit JFS für Daten und Programme. Die Unterteilung von zwischen System und Daten ist auch sinnvoll, falls man das System mal neu installiert. OS/2 Programme brauchen i.d.R. nicht neu installiert zu werden, kopieren von Systemdateien aufs Systemlaufwerk wie in Windows ist unüblich (es gibt natürlich Ausnahmen).
BTW, welchen Bootmanager verwendest Du? Es gibt einige Bootmanager, die hinter 8GB nicht booten können. Ein funktionierender ist AIR-Boot:
http://en.ecomstation.ru/personal/kiewitzsoft/air-boot.php
Aus der Doku entnehme ich, das OS/2 eCs hinter 8GB liegen können.
Grüße
Kutte