Bist Du Dir absolut sicher, daß die Ausgangsdatei den Fehler nicht schon hatte?
Springe mal in einem Mediaplayer alle 10-15 Minuten den Film durch und achte auf Synchronität. Wenn alles bis zum Ende hin synchron ist, dann konvertieren (mach ich zumindest immer so).
Extrahierst Du die Tonspur in MP3, wandelst die Datei dann um und schreibst Du dann die MP3 wieder zurück? Wandle die Tonspur nicht in MP3 um. Probiere es mal, die Tonspur als WAV abzuspeichern - wenn eine Extraktion überhaupt nötig sein sollte. Manchmal hilft es, die Tonspur in einem besseren Editierprog um ein paar Prozent zu dehnen oder auf eine bestimmte Zeit zu skalieren. Dann wurde die Tonspur in einer nicht zur Film-Framerate passenden Format aufgezeicnet.
Manchmal beginnt die Bildaufzeichnung zig Sekunden vor dem Ton, d.h. die anfänglichen x Sekunden fehlen der Tonspur. Dann bleiben die x Sekunden immer zwischen Ton und Bild den ganzen Streifen über, oder der Ton gewinnt oder verliert noch etwas mehr. Dann ist jedoch kaum ein Kraut dagegen gewachsen.
Manche aus eMule&Co geklauten Filme kommen mit englischem Ton und separater deutscher Tonspur, daher. Da ist sowas praktisch "Standard".