War bei mir dasselbe. Von 2,4 Ghz auf den HT-Prozessor, Windows lief zwar stabil, aber nur mit einer CPU. Nach dem drüberinstallieren alles in Ordnung, dual-CPU erkannt und auch den APIC-Modus mit 24 Interrupts. Aber danach musst du den Intel Application Accelerator und das inf-Update neu installiere, weil Windows diese Treiber durch eigene Standardtreiber ersetzt.
Und, ach ja, installiere auf jeden Fall von einer SP1-CD! Anleitungen zur Erstellung einer solchen aus der XP-CD und dem SP1 gibt es zuhauf im Internet, sogar bei Nickles im Archiv solltest du fündig werden.
Wenn du HT abschaltest, oder auf eine Non-HT-CPU umrüstest, musst du NICHT neu installieren. Windows läuft allerdings etwas langsamer, weil immer noch der Multi-CPU-Kernel geladen wird, der bei einer CPU etwas langsamer ist.