Hier ein paar antworten:
1.: Er lädt die WU's über einne verschlüsselte Verbindung (https) von https://server.ud.com runter.
2.: Du bist als Mitglied der Teampage eingetragen. In unseren Statistiken tauchst du mal nicht auf! Du kannst unser Teamwählen, indem du auf der Teampage ganz oben im blauen Banner "join our Team" anklickst und dann deinen Benutzernamen + Passwort angibst. Alternativ kannst du wenn du bei UD angemeldet bist auch unser Team aus der Teamliste heraussuchen und "Join this Team" (o.ä.) anklicken.
3.: Nein, du brauchst zum berechnen keine offene Internetverbindung. Du benötigst nur eine Verbindung, wenn er die Ergenbnisse zurückschicken will. Wenn keine Verbindung besteht, blínkt im SysTray über dem UD-Logo ein Ausrufezeichen. Jetzt stellst du die Internetverbindung her, öffnest das UD-Hauptfenster und klickst die Meldung weg. Nun stellt er eine Verbindung her, sendet und lädt die Daten.
4.: Lässt sich zwar mit UD-Monitor oder UD-Stats machen, ist aber nicht sinnvoll, da dann die WU schon von zig anderen Personen gerechnet wurden. Trotz schnellem Rechner wird es um die 8 - 15 Stunden dauerbetrieb brauchen, bis eine Wu durchgerechnet ist und da du den Rechner wohl nicht dauernd laufen hast, wird es wohl möglich sein, alle paar Tage eine Internetverbindung herzustellen.
5.: Die Punkte werden nach der CPU-Time angerechnet und addieren sich. Du kannst auch mehrere Devices und Profile erstellen, deren Punkte sich addieren zu den öffentlich zugänlichen Stats.
Du kannst bei 50% und auch bei jeder anderen Stellen den Rechner ausschalten und am nächsten Tag fortfahren. Er speicher immer wenn er ein Ligand fertig hat, deshalb kann es sein, dass du am Abend 8,43h Task CPU Time hast, beim nächsten Start aber bloß noch 8,29h. Die Endrechnung (Preparing...) wird nicht gespeichert, da diese bloß wenig Zeit in Anspruch nimmt (1/2 Minute).
Das du bei 1 1/2 Stunden erst 2% hast ist durchaus normal, siehe 4.
Mit UD-Monitor kannst du mehrere WUs gleichzeitig downloaden, er wechselt automatisch zwischen ihnen und er kann Backups vom aktuellen Stand machen. Ist aber bei der aktuellen UD-Version nicht mehr nötig, da sie stabiler läuft, als die Alten.