Also meiner Erfahrung nach sollte es eigentlich so funktionieren wie messi666 es vorgeschlagen hat. Entweder F6 am Anfang der Win2k-Inst. (also dann wenn er danach fragt) und die Controler-Treiber installieren oder im BIOS Ultra DMA Modus runter auf "2" stellen.
Wenn Du nur Win2k installieren willst, dann lösch mit FDisk einfach alle Partitionierungsdaten und erstelle danach auch nichts neues.
Die Win2k Inst-Routine kann mit einer jungfräulichen Platte bestens umgehen und erstellt Dir eine NTFS-Partition und formatiert diese dann auch.
Mit FDisk könntest Du ja ohnenhin nur eine DOS-Partition erstellen.