Du kannst das Fifo ja auch in der Systemsteuerung ein- und ausschalten:
Systemsteuerung -> Modem -> Allgemein -> Eigenschaften -> Einstellungen -> Anschlusseinstellungen -> FiFo-Buffer verwenden
Die Einstellungen werden wohl - wie von Dir bereits vermutet - irgendwo in der Registry gespeichert. Leider konnte ich auf die Schnelle auch keine Informationen darüber finden, wo denn genau.
Geh doch einfach so vor, ist vielleicht die Idiotenmethode, aber was besseres fällt mir nicht ein ;)
Fifo einschalten, gesamte Registry exportieren
Fifo ausschalten, wieder gesamte Registry (aber unter anderem Namen) exportieren
Die beiden Files vergleichen, notfalls mit dem alten DOS-Tool FC.EXE
Dann müsstest Du schnell herausfinden, wo genau der Eintrag denn nun gespeichert wird und kannst Dir zwei RegFiles basteln, die Du je nach Bedarf importierst.
Ob die Einstellungen allerdings ohne Neustart übernommen werden? Keine Ahnung.