Hallo,
wenn Du wie oben beschrieben immer von der einen aktiven Partition bootest, also keinen Bootmanager eines anderen Herstellers hast, der die aktiven Partitionen tauscht, sondern z. B. den von WinXP, dann solltest Du auf keinen Fall die C-Partition in NTFS umwandeln:
auch wenn Du Windows 98 auf der z. B. D-Partition liegen hast, dann liegen auf der C-Partition trotzdem ein paar Dateien, die zum Booten nötig sind (io.sys, msdos.sys, command.com und evtl. autoexec.bat und config.sys). Ohne die kann Win98 nicht starten und die müssen immer auf der ersten Partition liegen (zumindest ein Teil von denen - ich bin da mit Win98 nicht mehr so fit).
Wenn Du die C-Partition jetzt zu NTFS konvertierst, kann Win98 nicht mehr auf diese Dateien zugreifen und somit nicht mehr booten!!
Sollte bei Dir die aktivie Partition vom Bootmanager getauscht werden, dann ignoriere das von mir geschriebene einfach.