Ich vermute die Bezeichnungen die Du geschrieben hast waren falsch geschrieben.
Du hast warscheinlich ein Supermicro Super P6SBU Slot 1 Mainboard.
Das hat laut Manual einen U2W Controller mit einem 68Pol U2W Anschluss, einen 68Pol UW Anschluss und einen 50Pol U-SCSI Anschluss.
Ich denke mal, dass Du bei diesem Onboardcontroller alle Anschlüsse gelichzeitig benutzen kannst.
Also in diesem Fall würde ich mir´s ganz einfach machen, und alle Laufwerke an den Onboard Controller dran hängen.
Die CD-Rom Laufwerke an den 50Pol Anschluss ID´s 3,4
Die UW-Festplatten an den an den UW/SE Anschluss und die U2W bzw. die U160 SCSI Platten an den LVD Anschluss - ID der Bootplatte sollte ID0 sein, die ID der anderen kannst Du dann zwischen 1 und 15 (aber ID 5 oder ID 6 frei halten) frei wählen.
Dann würde ich das 50 Pol Kabel für die CD-Rom´s mittels einer Slotblende (wie 515515 schon sagt) nach draussen legen und dort einen (am besten aktiven) Terminator draufsetzen. (Dann darf aber kein CD-Rom terminiert sein.)
Dein Zip kannst Du auf ID 5 oder ID 6 Jumpern und terminieren - willst Du es dann anschliessen, einfach Terminator von Slotblende ab und Zip anschliessen. Den 2940U2W kannst Du dann verkaufen - den im System zu behalten wäre IRQ-Verschwendung.