Den Fehler, den Du meinst, liegt an der Speicherverwaltung von ME (und 98). Die einmal geladenen DLL's werden nicht aus dem Speicher gelöscht, wenn Du das Programm beendest.
Dieser Fehler bezieht sich aber nur auf die Systemressourcen.
Mit folgendem Eintrag in die Registry kannst Du WINDOWS dazu veranlassen, die DLL's bei Löschen des Programms aus dem Speicher zu entfernen.
HKEY_LOCAL_MACHINE/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/explorer/AlwaysUnloadDLL
sollte der Schlüssel dort nicht existieren, lege ihn einfach über "Bearbeiten | Neu | Schlüssel" an. Klicke dann im rechten Teil des Fensters doppelt auf den Eintrag "Standard". Ändere den Wert von Null auf "1" und klicke als nächstes auf die Schaltfläche "OK". Dann musst Du nur noch Windows neu starten.