Backup machst Du doch hoffentlich sowieso regelmäßig? Würde empfehlen, vor Nutzung noch mal eins zu machen. Bei einigen Anwendungen ändert sich ggf. das Format der Konfigurationsdaten, und dann gibt es nach Nutzung einer neueren Version womöglich kein Zurück mehr. Das ist kein Problem was zwingend auftreten wird (in der Praxis wohl sogar eher selten nach meiner Erfahrung), aber wenn es auftritt dann ist es womöglich sehr unangenehm.
Konfigurationsanpassungen in der Desktop-Umgebung könnten ggf. auch für Konflikte sorgen, wenn die Systeme unterschiedlicher Standardeinstellungen nutzen und zu einem inkonsistenten Erscheinungsbild führen. Die liegen allerdings ziemlich verteilt. Bei mehrfachem wechsel, oder auch nur Upgrade der aktuellen Distribution kann da eine gewisse Degeneration der Konfiguration. Je länger Du dein bestehendes Home-Verzeichnis mitschleppst, desto eher wird das sichtbar.
Also 1. Backup machen und 2. ausprobieren. Wenn Du die Gelegenheit nutzen willst Altlasten loszuwerden, dann könntest Du natürlich auch gezielt vorher alle Konfig-Dateien in ein separates Verzeichnis schieben und holst Sie erst bei Bedarf wieder hervor...
Ansonsten: Hast Du mehrere User? Dann müsstest Du drauf achten, dass die numerischen UserIds synchron vergeben werden, weil die Besitzer im Dateisystem an dieser ID hängen.