Kann ich beide, natürlich getrennt, damit sichern?
Sicher. Das Tool ist ja - soviel ich weiß - nicht an einen bestimmten Rechner gebunden.
Ich würde da sowieso ein "Notfallmedium" (bootfähige CD) erstellen und dann die Sicherungen jeweils damit durchführen - also nicht aus dem laufenden System heraus, sondern mit dieser "Notfall-CD" starten und damit dann arbeiten. Ist sicherer, als wenn du das Tool auf dem Rechner installierst und dann aus dem laufenden System die jeweilige Sicherung durchführst. Soll wohl funktionieren - aber ich würde es nicht so machen....
Was hast du denn überhaupt für Festplatten (Marke) verbaut? Für diverse Festplatten/SSDs (ich meine, für WD-Platten und für Seagate-Platten) gibt es eine Gratisversion von TI, welche für Otto Normalverbraucher vollkommen ausreichend ist.