Kontrollpartition deswegen.
Ist bei dir aber alles nicht dramatisch - außer du musst deine Backup-HDD mal an irgendeinen alten/unbekannten Not-Rechner anschließen ...
Mit der (verifizierten) Kontrollpartition ist es ganz einfach: kannst du problemlos die Daten darauf lesen, ist alles in Butter. Kommen da Fehlermeldungen wie ... ist nicht formatiert etc., ist die Butter braun.
Nachtrag:
Mehrere Partitionen machen oft Sinn, denn bei einem kleinen Fehler im Dateisystem ist die ganze Partition erst mal "blockiert" und nicht nutzbar, bis sie korrekt repariert wurde. Bei einer zugemüllten 3 TB HDD kann das schon lange dauern und geht etwas schief, sind schnell viele Daten weg.
Sinnvoll partitioniert und Sektoradressen notiert, verlierst du praktisch nur "partitionsweise" Daten. (und nur eine externe Backupplatte ist mindestens eine zu wenig)