Für eine 3.1.3 Version hätte man lediglich eine frühere Xcode/iOS SDK Version nehmen müssen, hätte dann jedoch 2 Versionen pflegen müssen. Apple schreibt nicht vor welche Version du nutzt oder für welches iOS du programmierst.
Es stehen noch alle Xcode Versionen von 1.0 bis 7.2.1 zum Download bereit.
Zudem ließen sich die installierten und aktivierten alten Versionen weiterbenutzen, neu installierte alte Versionen (zb bei einer Wiederherstellung des iPhones) wurden vom Whatsapp Server jedoch nicht mehr aktiviert. Afaik wurde die Verifizierung von 3 auf 6 Stellen geändert. Zumindest da hätte Whatsapp noch ein Update raus bringen können um alte Versionen, eventuell auch nicht im vollen Funktionsumfang, weiter nutzen zu können.
Insofern ist es absolut richtig, dass es keinen technischen Grund gibt. Apple würde ich das, außer dem fehlendem Support ab Xcode 4.5 für ältere iOS Versionen, jedoch nicht anlasten.
mfg
chris