Das dürfte kein Problem sein, Du musst die CD dazu nicht mal kopieren - denn dann kopierst Du noch einen Haufen Programmdaten von Acronis, nicht nur das Bootsystem.
Es genügt, wenn Du im Startmenü von Windows den "Bootable Rescue Media Builder" startest und damit eine ISO-Datei anlegst. Die kannst Du dann z.B. mit 7Zip öffnen und alles was drin ist auf die externe Platte kopieren. Da dort schon Ubuntu drauf läuft, ist die Platte bootfähig und Du musst nur die Ubuntu-Dateien und Verzeichnisse löschen.
Das Booten dürfte damit erheblich schneller gehen als von der CD - vorausgesetzt Dein PC kann mit voller USB-geschwindigkeit booten. Einige ältere PCs booten von USB extrem langsam, vermutlich war da diese Funktion da noch nicht so ausgereift.