Der Desktop setzt auf dem XServer Xorg auf. Wenn es Probleme geben sollte , dann eher mit einem alten Desktop und einem neuen XServer.
Normalerweise sollte die Paketverwaltung auf Versionskonflikte hinweisen.
Das Paketverwaltungssystem APT ist nicht nur ein zentrales Updatesystem. Es soll Abhängigkeiten automatisch auflösen und Versionskonflikte zwischen den Bibliotheken und Programmen vermeiden. So ein Paketverwaltungssystem wie APT fehlt leider bei Windows, weil es da Versionskonflikte bei den dll Dateien gibt.
Die Maintainer schreiben die Abhängigkeiten und Konflikte in die Datei control , die in jedem deb Paket dabei ist.
Wenn die Maintainer meinen das ein alter Desktop und ein neuer XServer sich nicht vertragen, dann sollte auf jeden Fall ein Hinweis bei der Installation der Pakete kommen .
PS: Schau dir mal ein deb Paket genauer an. Der Midnight Commander kann ein deb Paket öffnen, in dem man mit der ENTER Taste auf den Dateinamen drückt.
Und ließ mal das Buch "Das Debian System" von Martin F. Kraft durch. In diesem Buch wird APT sehr ausführlich erklärt und wie man ein deb Paket erstellt.