Lässt sich irgendwie protokollieren, welche Dateien beim Starten einer Anwendung geändert, erstellt und geladen werden (sollen) bzw. welche Reg.-Einträge mglw. abgefragt oder erstellt werden?
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Da fällt mir spontan "Process Monitor" ein
http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb896645