Hi!
Ich würde das anders lösen:
Installiere GRUB2 auf dem MBR der externen Festplatte. Dazu musst du Ubuntu booten und im Terminal 'sudo fdisk -l' eingeben. Hier merkst du dir, welche Bezeichnung (/dev/sdX) die externe Festplatte hat. Danach installierst du GRUB im MBR der externen Festplatte: 'sudo grub-install /dev/sdX' (X entsprechend anpassen).
Dann:
"Repariere" mit der Windows-CD den MasterBootRecord der internen Festplatte (in der Eingabeaufforderung 'fixmbr' eingeben). Dann startet Windows ganz normal. Möchtest du nun Ubuntu starten, schließt du die externe Festplatte an und drückst während des Bootvorgangs die Taste für das Bootmenu (z.B. F8) und wählst im Menu die externe Festplatte aus.