Ich würde *keinesfalls* versuchen, das System zu reparieren! Wie hatterchen schon angedeutet hat - trauen kannst du dem hinterher nicht mehr, denn niemand garantiert dir dass die Schadsoftware restlos entfernt wird. Außerdem kann der Trojaner Manipulationen im System vorgenommen haben, die natürlich bestehen bleiben, auch wenn er selbst entfernt worden ist.
Hast du auf der Systempartition noch persönliche Daten - Eigene Dateien, Desktopdateien oder Emails zu liegen? Die müsstest du zunächst einmal irgendwie sichern, z.B. mit einer Linux-Live-CD wie Knoppix. Achtung: Das Schreiben auf NTFS-Partitionen wird von Linux-Derivaten nicht 100% zuverlässig unterstützt, daher müsstest du eine FAT32-Platte bzw. -Partition zur Hand haben.
Andere Alternative: Bart's PE-Builder - siehe auch hier: http://nu2.nu - das ist eine Live-CD mit einer Art abgespecktem Windows XP, der kann also auch problemlos auf NTFS schreiben. Hier allerdings macht die Herstellung der CD etwas Mühe, einfach nur ISO herunterladen und brennen ist da nicht. Auf der Homepage des Autors (s.o.) findest du aber eine ausführliche Anleitung.
CU
Olaf