Der grub Bootloader kann wahlweise in den MBR oder auch in die /boot Partition oder die / Partition von Linux installiert werden. Es liegt also nicht an grub, sondern an der verwendeten Distribution , wenn man nicht die Wahl hat wohin der grub installiert werden soll.
Man kann immer nur einen grub in den MBR installieren, wenn man mehrere Linuxdistributionen oder auch FreeBSD installieren will. Den anderen grub installiert man in die / Partition von Linux ( oder auch die /boot Partition , wenn /boot auf einer eigenen Partition liegt)
Man kann den grub auch von einem anderen grub starten lassen.
Ich nutze Debian und habe auch schon FreeBSD getestet. Bei beiden Systemen wird bei der Installation gefragt wohin der grub installiert werden soll.
Ich weiß nicht bei welcher Distribution man außerdem die Wahl hat wohin der grub installiert werden soll.
Ließ mal das Handbuch zu grub (wenn english nicht das Problem ist):
http://www.gnu.org/software/grub/manual/
Ich nutze den Acronis Disc Director ( auch wenn es keine freie Software ist) und auf der CD ist auch ein Bootloader dabei welcher verschiedene Betriebsysteme starten kann, wenn man ihn in den MBR installiert. Der Acronis Bootloader erkennt Linux automatisch , wenn man den grub von Linux in die / Partition (oder die /boot Partition) installiert.
PS: Ich würde Linux immer in einer erweiterten Partition installieren und verschiedene Verzeichniss wie /home, /var, /usr (wie es auch bei Unix gemacht wird) auf eine eigene logische Partition legen.
PPS: Ich glaube gentoo, debian und auch der BSD Unix Abkömmling FreeBSD sind die einzigen Systeme die dem Administrator die Wahl lassen wohin der grub installiert werden soll. Deshalb würde ich auch vorschlagen wenn du eine virtuelle Maschine für deine Test nutzt.