Da musst Du dickere Bretter bohren, weil Windows-NT-Systeme (also auch die Nachfolger) die Festplattenverwaltung beim NTFS-Dateisystem recht kompliziert händeln (Einträge im MBR und in der Registry müssen passen). Lies mal diesen komplizierten - kontrovers diskutierten - Thread, vor allem meine Diskussion mit Shrek3:
http://www.nickles.de/static_cache/538268588.html
Ich habe da fälschlich in Richtung "Klonen" argumentiert, aber das ist ja genau Dein Fall. Du musst im Kern zwei Probleme lösen, über die üblichen Prozeduren hinaus wie Aktiv setzen (was man glaube ich auch heute noch mit FDISK hinbekommt):
1) Das Signaturproblem => Festplatten-GUID.
2) Startdateien übertragen, wenn sie nicht auf der WinXP-Partition liegen.
Außerdem ev. die boot.ini neu schreiben lassen (Reparturstart von Windows-CD, bootcfg /rebuild).
UND AUSSERDEM ist so meine Erfahrung - allerdings mit Wechselrahmen - dass das Bios Eigeninitiative entwickeln kann, sich unter Boot verstellt (bei ASRock-Boards und vor allem bei Asus-Boards) und dass auch noch gelegentlich die Festplatte NICHT mit ihrer korrekten Typenbezeichnung (!) erkannt wird (Kontakte fetten...z.B. Bosch Kontaktfett). Bei meinen ASRock-Board stand sie schon unter IDE korrekt eingetragen und unter Boot mit falschem Buchstaben-/Zahlencode. => Also das Bios ist in Problemfällen immer zu kontrollieren!